1,2,4-Триазол є унікальною гетероциклічною системо, яка протягом тривалого часу знаходиться у центі уваги вчених різних наукових «шкіл». Серед похідних 1,2,4-триазолу знайдено багато сполук з рядом унікальних і дуже цінних властивостей, які допомагають розвитку науки в цілому. Слід звернути увагу на 2-(((3-(2-фторфеніл)-5-меркапто-4Н-1,2,4-триазол-4-іл)іміно)метил)фенол, який виявляє властивості малотоксичної сполуки і перспективної як протигрибковий засіб [1]. Тому, нами для подальшого впровадження цієї перспективної сполуки в якості потенційного протигрибкового агенту на меті стало дослідження його властивості in silico методами. Структуру 2-(((3-(2-фторфеніл)-5-меркапто-4Н-1,2,4-триазол-4-іл)іміно)метил)фенолу намальовано і переведено у форматі SMILES за допомогою MarvinSketch, яка є у вільному доступі. Прогноз білкових мішеней біоактивного ліганду проводився на базі веб-сервісу Galaxy, і включав декілька етапів: •Створення файлу структури ліганду в форматі SMILES та подальша його гідратація; •Створення набору з 46 мінімізованих енергетичних конформерів для запитуваного ліганду; •Завантаження в веб-сервіс набору даних ePharmaLib в форматі phar; •Поділ ePharmaLib на окремі фармакофори, для пришвидшення аналізу шляхом виконання кількох паралельних вимірювань. Вирівнювання фармакофора, де набір даних конформера 2-(((3-(2-фторфеніл)-5-меркапто-4Н-1,2,4-триазол-4-іл)іміно)метил)фенолу перетворюється в набір даних фармакофора і одночасно вирівнюється за окремими фармакофорами набору даних ePharmaLib.
•Конкатенація балів вирівнювання фармакофорів та ранжування прогнозованих білкових цілей за індексом Тверського. Чим вищий індекс Тверського, тим вища ймовірність передбачуваної взаємодії білок–ліганд. Структура ліганду 2-(((3-(2-фторфеніл)-5-меркапто-4Н-1,2,4-триазол-4-іл)іміно)метил)фенолу перетворено у формат SDF за допомогою OpenBabel. Ліганд додатково піддавали мінімізації енергії за допомогою Chimera. Рентгенівські кристалічні структури білків з спільно кристалізованими лігандами були отримані з Protein Data Bank (PDB). Для підготовки структури білка було видалено співкристалізовані молекули ліганду та води, а також додано полярні атоми Водню та об'єднані заряди атомів Колмана. Для виконання дослідження стикування білка та лігандів та їх конвертації у формат pdbqt використовувався плагін DockingPie Vina в PyMOL. .Для підтвердження протоколу докінгу було проведено валідацію. З попередніх досліджень відомо, що значення среденьоквадратичного відхилення позицій атомів (RMSD), яке відображає різницю між розрахованою та кристалографічною конформацією лігандного комплексу, не повинно перевищувати 2,0 Å. Прогнозування показників активності 2-(((3-(2-фторфеніл)-5-меркапто-4Н-1,2,4-триазол-4-іл)іміно)метил)фенолу in silico методами свідчить про високу протигрибкову активність зазначеної молекули.
Встановлено, що 2-(((3-(2-фторфеніл)-5-меркапто-4Н-1,2,4-триазол-4-іл)іміно)метил)фенол потенційно можна рекомендувати в якості потужного протигрибкового засобу. За результатами комп'ютерного прогнозу встановлено вискі показники протигрибкової дії. Це свідчить про потенційну можливість використання in silico методів в подальших дослідженнях та розробці нових біологічно активних молекул.
Список літератури:
1. Ogloblina, M. V., Bushueva, I. V., & Parchenko, V. V. (2022). Modern approaches to studying the antimicrobial and antifungal activities of new 1,2,4-triazole derivatives. Farmatsevtychnyi Zhurnal, (3), 94-102.
|
Голосування 
Ця робота ліцензується відповідно до Creative Commons Attribution 4.0 International License
Знайшли помилку? Виділіть помилковий текст мишкою і натисніть Ctrl + Enter